La necesidad de ejecutar el censo de 1813 surgió en el año 1810, a partir del descontento expresado por algunos diputados sobre la desproporción entre las provincias y la cantidad de representantes en el Congreso. Esto, porque la cantidad de diputados por distrito había sido establecida de forma arbitraria, lo que incluso produjo algunas renuncias. De esta manera, se decidió realizar un censo en 1811, cuyo propósito fue numerar de manera exacta a todos los habitantes para establecer y definir la representación de cada distrito en la Cámara de Diputados. Sin embargo, ese año José Miguel Carrera cerró el Congreso, frustrando la ejecución del conteo.

En 1813, la Junta de Gobierno compuesta por Francisco Antonio Pérez, José Miguel Infante y Agustín de Eyzaguirre, retomó la iniciativa y ordenó la ejecución del censo. Uno de los principales problemas que debió enfrentar el censo de 1813 fue la desconfianza y rechazo de las personas a ser encuestadas, quienes pensaban que los datos obtenidos serían utilizados para el cobro de impuestos o para enrolarlos en un conflicto bélico. Además, no fue realizado en Santiago ni en Concepción, provincias donde las tropas realistas se encontraban preparando la contrarrevolución de la independencia.