La investigación de Lipschütz en biología experimental estuvo ligada al sistema endocrino y a los factores que determinan la sexualidad. Así fue como durante sus primeros años, en el laboratorio de Eugene Steinach en Viena, investigó acerca de la acción "feminizante" del ovario y "masculinzante" del testículo, experimentos que sugerían que estos órganos liberaban hormonas que provocaban la aparición de rasgos femeninos o masculinos, según fuera el caso.

En Chile, Lipschütz continuó investigando este tema, específicamente, la relación entre gónadas (ovarios y testículos) con la hipófisis (una glándula ubicada en el cerebro). De sus experimentos obtuvo cobayos machos con injerto ovárico y dos testículos intactos, los que producían leche y al tiempo que copulaban y fecundaban a la hembra que a su vez tenía descendencia. De ellos declaró: "fueron la gloria de nuestro Instituto en Concepción".(Lipschütz, 50 años de endocrinología sexual. Santiago de Chile Editorial Andrés Bello,1959. )

Años después, ya en el Instituto de Medicina Experimental de Santiago, Lipschütz se centró en otro tema que lo fascinó: la relación entre las hormonas sexuales y el cáncer. Vería correlación entre tratamiento con estrógeno y la aparición de tumores en las hembras. Asimismo, ahondó en el efecto protector del ritmo sexual -aquella oscilación cíclica de estrógeno y progesterona que se da naturalmente en las hembras- en la aparición de tumores.