Desde principios del siglo XIX, las [!:epidemiasepi epidemias] de viruela que afectaron a la población chilena comenzaron a alamar a las autoridades, en especial a médicos y científicos, sobre la importancia de la vacuna para prevenir su contagio. Esta medida fue rechazada por liberales y parlamentarios y también por la propia población que, por distintos motivos, se resistió a vacunarse.

Una de las principales causas de este rechazo fue el miedo que provocó la vacuna, sobre todo entre los sectores populares, que desconfiaban de la medicina científica y preferían acudir a la medicina popular. En una sociedad en la que aún no estaba instalada la noción de medicina preventiva, este temor se relacionó con el funcionamiento de la vacuna. Ésta debía ser inyectada en personas sanas, lo que difundió la creencia de que la vacuna producía la viruela.

Otra de las causas del rechazo se relacionó con el procedimiento de la vacunación. Este era doloroso porque la lanceta utilizada para vacunar era de acero. Además, la inoculación se repetía tres veces en cada brazo y generalmente había desagradables síntomas en los días posteriores a ésta. Pese a ello, según el doctor Manuel Grajales la lanceta era mejor que las agujas, pues estas se oxidaban y no tenían buena punta, causando peores efectos en el vacunado (cf. Descripción de la verdadera, y falsa vacuna y modo de ingerir el fluido vacuno, con los accidentes que acaecen antes y después de su inversión: conocimiento del verdadero grano vacunal, p. 16).

El rechazo a la vacuna fue combatido durante años por la Junta Central de la Vacuna, institución que lideró numerosas campañas para su propagación. En conjunto con el cuerpo médico, este órgano tomó medidas para convencer a la población de la importancia de la vacunación tales como: la repartición de carteles en las calles que invitaban a la gente a vacunarse, el trabajo de los vacunadores en terreno y a domicilio, el uso de la prensa para dar a conocer sus ventajas, su difusión en el Ejército, la Marina y los colegios; la difusión a través la educación, la persuasión de las autoridades y, el envío de proyectos de vacunación obligatoria.

La resistencia a la vacunación quedó reflejada en las memorias de la Junta Central de la Vacuna. Estas memorias también dan cuenta de que lentamente el rechazo social a esta medida preventiva fue desapareciendo. En la memoria de 1901, la Junta señaló que "felizmente va desapareciendo la resistencia a la vacuna", la que incluso comienza a ser buscada por quienes antes solo la recibían luego de "reiterados ofrecimientos" (Memoria del Presidente de la Junta Central de Vacuna correspondiente a 1900, p. 8).