Las denominaciones de origen autóctono o indígena permiten ver las huellas que las diferentes culturas han dejado en las designaciones de un lugar y los significados que van adquiriendo en el tiempo. La toponimia autóctona permite observar no solo los nombres que cada cultura asignó a un espacio específico, sino parte de su cosmovisión.

En la zona norte de Chile los topónimos provienen en general de las lenguas kunza, quechua o aymara. Así, por ejemplo, se estima que el vocablo "Arica" toma su nombre del kunza arisca, que significa "bahía nueva", o de Ariacca, nombre del jefe Inca que habitaba el lugar donde la ciudad está asentada; "Iquique", por su parte, toma su nombre del aymara Iki Iki que significa "dormidero" o "lugar de descanso", por la gran cantidad de aves que se posaban en este espacio; "Parinacota", "lugar de parinas", proviene del quechua pariwana que significa parinas o "flamencos" y qhocha, que significa "laguna" o "lago"; el topónimo "Chuquicamata" se estima que proviene del aymara chuki, "lanza", y kometha, "medida", o del quechua chuki, "lanza", y kamata "curandero".

En la zona central predominan topónimos de origen quechua y mapuche. Por ejemplo, "Chimbarongo", que significa "niebla al otro lado del río", proviene del quechua chimba, "al otro lado del río", y rongo, "niebla"; "Pichilemu", que en mapudungun significa "pequeño bosque", proviene de pichi, "pequeño", y lemu, "bosque"; "Maipú", derivada de maipun, en mapudungun hace referencia a "valle de tierra cultivada" y "Talca", del mapudungun "lugar del trueno", tiene su origen en trhalkan, que significa "trueno".

En la zona sur del país, por su parte, predominan los topónimos de origen mapuche. Por ejemplo, "Nahuelbuta" significa "cordillera donde hay tigres grandes" y proviene de las palabras nawuel, "tigre", y futa, que hace referencia a "grande"; "Antuco", "lugar donde se refleja el agua", deriva de antu, que significa "sol", y ko, que significa "agua"; "Temuco", que significa "estero donde hay árboles", se desprende de temu, "árbol", y ko, "agua"; Traiguén, por su parte, deriva de trayén y significa "cascada".

En la zona sur-austral, predominan topónimos de origen mapuche y, en menor medida, de origen selk'nam. Por ejemplo, "Chiloé", que significa "isla de gaviotas", deriva del mapudungun Chille, que significa "Gaviota", y hue, que significa "lugar" o "isla"; "Calbuco", "aguas azules", deriva de Kalbu, "azul", y ko, "agua"; "Llanquihue", "sitio escondido", tiene su origen en llanqui o lladqui que significa "sumergido", "escondido", "perdido" y hue que significa "lugar", por la vegetación frondosa existente en la zona; y la denominación de origen selk´nam "Karukinka", "extrema tierra nuestra", proveniente de Kar, "extremo", huhin, que significa "tierra", y ka, "propio" o "nuestro".