A inicios de 1920, en medio de las tensas negociaciones bilaterales entre Chile y Perú para establecer definitivamente las fronteras entre ambos países -que estaban en disputa desde el término de la Guerra del Pacífico-, las diferencias entre la FECH y el gobierno se agravaron. La Federación, en lugar de apoyar la conservación de los territorios anexados, calificó el conflicto como una manipulación de la oligarquía salitrera para resguardar sus intereses económicos. A su vez, rechazó la retórica nacionalista con que se intentaba validar un posible conflicto armado, argumentando que por sobre esta primaba la confraternidad con el movimiento estudiantil peruano y la defensa irrestricta del pacifismo.

Ese mismo año, el presidente Juan Luis Sanfuentes, apoyado por el Congreso, ordenó la movilización parcial de las tropas del Ejército a la frontera con Perú, un evento que fue conocido como la "Guerra de Don Ladislao". La FECH declaró públicamente que esta operación tenía como fin desarticular al movimiento obrero a través del enrolamiento forzado de sus miembros y desplazar hacia al norte la guarnición militar de Santiago antes de las elecciones presidenciales, debido a su conocida adherencia al candidato opositor, Arturo Alessandri Palma. Algunos medios de prensa acusaron a la FECH de antipatriota e incluso de haber recibido sobornos del Perú para difamar al gobierno. En rechazo a estas supuestas conductas, el 21 de julio de 1920, un grupo de manifestantes asaltó violentamente la sede de la FECH, incidente que concluyó con el edificio destruido y su biblioteca quemada en medio de la calle Ahumada, mientras que numerosos estudiantes de la Federación, considerados "peligrosos" por el gobierno, fueron apresados. Uno de ellos fue el joven anarquista José Domingo Gómez Rojas, quien tras ser encarcelado y torturado falleció durante su reclusión en la Casa de Orates.