En relación con la participación de la Iglesia en la construcción de la república, en la historiografía chilena del siglo XIX han existido al menos dos perspectivas. Por una parte, la corriente liberal -entre cuyos autores se hallan Diego Barros Arana (1830-1907), Benjamín Vicuña Mackenna (1831-1886) y Miguel Luis Amunátegui (1828-1888)- que consideraba a la "Iglesia, y por lo tanto al clero, fuera del proyecto de construcción de la nación chilena, de ahí la afirmación de que el clero había apoyado la causa española". Por otra parte, la corriente conservadora que "defendía el rol de la Iglesia en la nación". Entre los representantes de esta línea de pensamiento se encuentran historiadores como Ramón Sotomayor Valdés (1830-1903), Francisco Encina (1874-1965), Alberto Edwards (1874-1932) y Crescente Errázuriz (1839-1931) (Enríquez, Lucrecia. "Los estudios del clero chileno: estado de la cuestión, análisis y perspectivas". Anuario del Centro de Estudios Históricos Carlos S. A. Segreti. Número 7 2007, p. 273).

Durante la segunda mitad del siglo XIX, las iniciativas relacionadas con los estudios sobre la historia de la iglesia en Chile estuvieron encabezadas por el Rafael Valentín Valdivieso (1804-1878), arzobispo de Santiago. Una de ellas fue la publicación de La Revista Católica (1843-1895), medio dedicado "especialmente a la historia de la Iglesia Chilena y del clero, incluyendo muchas biografías de eclesiásticos". También, hacia las últimas décadas del siglo XIX aparecieron "las primeras historias de la Iglesia en Chile escritas por (…) miembros del clero como Crescente Errázuriz y José Hipólito Salas, quienes sostuvieron que el Estado, como institución anticatólica y atea, se oponía a la Iglesia restringiéndola en sus derechos, interviniendo en ella" (Enríquez, p. 274).

La obra de Crescente Errázuriz se tituló Los orígenes de la iglesia chilena y fue publicada en 1873. Como indica su nombre, el volumen examinó los inicios de la presencia de la Iglesia en Chile, desde la llegada de los sacerdotes a América hasta la estadía del obispo español Reginaldo de Lizárraga (1545-1615) en Chile, a inicios del siglo XVII.

Según indicó su mismo autor, el volumen estuvo motivado como respuesta al texto Los Precursores de la Independencia de Chile de Miguel Luis Amunátegui, que se editó como libro durante 1870 y 1872. Según Errázuriz: "Muy luego conocimos que no era posible por el plan que sigue el señor Amunátegui el refutarlo de otra manera que escribiendo una historia completa. Sus ataques consisten principalmente en callar. Esos primeros trabajos nos convencieron también de lo mucho que quedaba por investigarse en los asuntos eclesiásticos de Chile; y, como hemos dicho, ese estudio se nos presentó lleno de atractivos; nos resolvimos, pues, a emprenderlo" (Errázuriz, Crescente. Los orígenes de la iglesia chilena. Santiago: Imprenta del Correo, 1873, p. 20). En relación con el punto de vista de Errázuriz, el sacerdote Fidel Araneda Bravo (1906-1992) indicó que "en su obra Amunátegui guarda silencio acerca de la ardua labor realizada por la Iglesia, en la Conquista de Chile y en los años de la Colonia, y cuando se refiere a esa tarea evangelizadora, lo hace para ridiculizarla" (Araneda Bravo, Fidel. "Capítulo VII. Historiador". El arzobispo Errázuriz y la evolución política y social de Chile. Santiago: Jurídica de Chile, 1956, p. 94-96)

Errázuriz criticó, además, que la obra de Amunátegui no era rigurosa respecto a la exposición de los hechos históricos, fuentes y de las deducciones que realizaba: "Quien no se propone estudiar los acontecimientos, cualesquiera que sean, para deducir las consecuencias, sean cuales fueren, que nazcan de ellos, sino que, al contrario, establece ciertas proposiciones y va a buscar en lo pasado las pruebas de sus teorías, se expone a falsear la historia; y, aun cuando fueran sus ideas justas y verdaderas, su obra no sería el escrito del historiador, sino la defensa del abogado" (Errázuriz, p.22).

Como respuesta a esta publicación, entre junio de 1873 y marzo de 1874, Miguel Luis Amunátegui publicó el texto "Los orígenes de la Iglesia chilena. 1540-1608, por Crescente Errázuriz" en la revista Sud-América. En estas entregas, Amunátegui, en primer lugar, refutó que su texto fuera calificado como "anti-católico", así como las acusaciones de haber guardado silencio respecto al rol de la Iglesia en sus primeros años en Chile. Para Amunátegui no se justificaba "detallar largamente ni los servicios de la iglesia católica, si era que los habría prestado, ni las virtudes de los obispos y otros eclesiásticos, si era que habían estado adornados de ellas", pues no era pertinente para su asunto de estudio (Amunátegui, Miguel Luis. "Los orígenes de la Iglesia Chilena". Sud-América. Tomo 1, número 3, 10 de junio de 1873, p. 192-193).

En segundo lugar, refutó punto a punto las críticas que Errázuriz realizó respecto a las fuentes que usó en Los Precursores de la Independencia de Chile, especialmente, respecto al cuestionamiento que hizo el prelado sobre el empleo de la Crónica del reino de Chile de Pedro Mariño de Lovera como fuente, ya que en ella se darían cuenta de "gran número de portentosos milagros y prodigios, tanto divinos, como profanos". Amunátegui sostuvo que "un historiador serio haría por cierto muy mal en referir esos hechos como reales y efectivos. Pero indudablemente debe tomarlos en cuenta, porque las creencias de esta especie pueden servirle de utilísimos indicios para comprender cuál era el estado intelectual y moral de una sociedad, o cuales fueron las impresiones que produjeron en ella ciertos acontecimientos" (Amunátegui, p. 209-210).