Luego de su larga trayectoria como docente y director del Museo Nacional de Historia Natural, Rodulfo Amanado Philippi recibió un homenaje de las autoridades políticas, científicas, educacionales y culturales de la sociedad chilena.

Para celebrar su retiro de la actividad laboral y su cumpleaños número noventa, se organizó el año 1898 en la Universidad de Chile una fiesta donde fueron convocados sus familiares, amigos cercanos, compañeros de trabajo y gran parte de la elite santiaguina. Los pormenores de aquella fiesta fueron publicados en un folleto titulado Homenaje al señor doctor Rodulfo Amando Philippi en su cumpleaños: 1808-1898 (1898). Allí se introdujo el programa de la celebración que incluyó música de Richard Wagner (1813-1883) en honor a su origen alemán; música religiosa; la entrega de un álbum de firmas de los asistentes y una medalla conmemorativa; dos discursos, el primero del doctor Adolfo Murillo Sotomayor (1838-1899) y el segundo de Domingo Amunategui Solar (1860-1946); y la lectura de una composición en versos por parte de Carlos A. Gutiérrez.

En el discurso de Murillo, este exaltó la figura de Philippi "quien en Chile echó los cimientos verdaderos del estudio de las ciencias naturales propiamente dichas, y encarna y representa una época memorable en nuestra historia universitaria. (…) Su palabra es oída con respeto; sus lecciones, que se basan en el desenvolvimiento lógico de los fenómenos naturales y en la observación estricta de los hechos, sin preocupaciones sectarias ni desviaciones del criterio positivamente científico, despierta los entendimientos y entusiasma a la juventud". Resaltó, además, las labores académicas de Philippi en los cursos de filosofía gramatical, letras muertas, literatura, metafísica, química, física, historia natural, su trabajo en el Museo, entre otros ("Discurso del doctor don Adolfo Murillo". Homenaje al señor doctor Rodulfo Amando Philippi en su cumpleaños: 1808-1898, p. 7-8).

Amunategui, por su parte, resaltó el trabajo expedicionario de Philippi, su organización del Museo y sus paralelismos con la vida de Ignacio Domeyko Ancuta (1802-1889), quien había fallecido hace pocos años.

Posteriormente, tras el fallecimiento de Rodulfo Amando Philippi el 23 de julio de 1904, el Consejo Universitario le encomendó a su amigo, Diego Barros Arana (1830-1907), la redacción de una obra póstuma para honrar su memoria. En la breve introducción de ese libro titulado El doctor Don Rodolfo Amando Philippi. Su vida y sus obras (1904), Barros Arana, siguiendo la línea de lo expuesto por Murillo en 1898, escribió que "el nombre del doctor don Rodolfo Amando Philippi ocupa un puesto prominente en la historia del desenvolvimiento intelectual de Chile. (…) El mérito de Philippi no consiste solo en los libros y en el número verdaderamente increíble de memorias y de notas que escribió sobre la historia natural de Chile. Él fue el primero que en nuestro país enseñó esas ciencias en forma verdaderamente científica. Por la extensión de su saber, por la amenidad de sus lecciones, por la suavidad de su carácter, despertó en cuanto era posible, en la juventud de nuestras escuelas, el gusto por ese orden de conocimientos" (Barros Arana, Diego. El doctor Don Rodolfo Amando Philippi. Su vida y sus obras. Santiago: Imprenta Cervantes, 1904, p. 3-4).

La biografía escrita por Barros Arana abarcó desde su día de nacimiento, pasando por sus primeros años de formación, sus excursiones fuera de Alemania, su participación política en los sucesos de la revolución liberal alemana; su posterior viaje a Chile y todos los trabajos que pudo desarrollar como docente y científico. Al final de la obra agregó también un apéndice bibliográfico con todos los títulos publicados por Philippi durante su vida.