Debido a la notoriedad que alcanzó con sus diferentes publicaciones y a su constante colaboración en los Anales de la Universidad de Chile, Tomás Guevara Silva (1865-1935) discutió con algunos de sus colegas variadas ideas en torno a los orígenes y etnología del pueblo mapuche y otros pueblos originarios del país.

Una de las primeras confrontaciones intelectuales que tuvo fue con el historiador Tomás Thayer Ojeda (1877-1960). Durante el año 1916, periodo en que Guevara publicó por partes en los Anales su obra La mentalidad araucana (1916), Thayer publicó en paralelo en la misma revista su texto Ensayo crítico sobre algunas obras históricas utilizables para el estudio de la conquista de Chile (1917), en el que dedicó el capítulo IX a valorizar los elementos etnológicos y psicológicos del pueblo mapuche que se podían rescatar de la lectura del poema La Araucana de Alonso de Ercilla y respondió a Guevara sobre las ideas que planteó en Folklore araucano (1911), específicamente el capítulo V titulado "Elementos extraños al araucano en el poema de Ercilla". La tesis de Guevara era que Ercilla fue incapaz de impregnar en su obra los elementos de la psicología indígena, y, por lo mismo, contaminó su visión de los mapuche con la proyección de la psicología española.

Apuntó además que, en el proceso de construcción épica del "araucano" hecho por Ercilla, impregnó a las figuras más relevantes de rasgos de la cultura y psicología española de la época como "la noción de honor entendido como el ideal caballeresco, el sentimiento de fidelidad al monarca, la afición a la hipérbole, el fatalismo, la religiosidad exaltada, la propensión aventurera, a las empresas sobrehumanas y al placer de la lucha" (Guevara, Tomás. Folklore araucano. Refranes, cuentos, cantos, procedimientos industriales, costumbres prehispanas. Santiago: Imprenta Cervantes, 1911, p. 164-165). Para reafirmar su punto, Guevara continuó con una etnografía del pueblo mapuche, basado principalmente en los cronistas españoles y sus observaciones, que construyeron una imagen histórica distinta a la de Ercilla.

La respuesta de Thayer se dio en las páginas de los Anales, donde defendió el poema de Ercilla. Señaló aquellas partes donde el poeta describió a los pueblos indígenas de Chile y copió fragmentos del propio texto para analizarlos. Al respecto escribió que "según la Araucana, nuestros aborígenes no constituían una sola raza, sino un agrupamiento de pueblos, de costumbres y cultura diversos, y diferentes también por sus rasgos étnicos. (…) En treinta y siete estrofas describe las costumbres, armas, gobierno de la fiera nación araucana" (Thayer Ojeda, Tomás. "Ensayo crítico sobre algunas obras históricas utilizables para el estudio de la conquista de Chile (Continuación)". Anales de la Universidad de Chile, Santiago, 1917, p. 1512-1513).

La respuesta de Guevara fue la publicación del libro La etnología araucana en el poema de Ercilla (1918), donde reforzó las ideas que había planteado previamente. Defendió además su método de observación científica, complementario a la revisión documental, relevó el valor literario de La Araucana y analizó críticamente cada una de sus partes. Profundizó también en todos aquellos elementos de la cultura mapuche que, según él, no dio cuenta Ercilla en el poema, sobre todo en aquellos relacionados con la mentalidad colectiva, espiritualidad, la producción intelectual y la psicología mapuche.

En esta polémica se dio cuenta del enfrentamiento de dos tipos de nacionalismo intelectual: por un lado, aquel representado por Tomás Thayer -determinismo racial- que intentó basar la grandeza de la "raza chilena" desde un origen prehispánico, donde el pueblo mapuche fue un elemento discursivo y centro fundamental para entender las cualidades del pueblo chileno; y, por otro lado, la visión racializada de Tomás Guevara -historicismo civilizatorio primitivista- que buscó a toda costa demostrar la "inferioridad racial" del mapuche frente a la sociedad chilena civilizada post colonización, integración y sincretismo socio-cultural (Pavez, Jorge. Laboratorios etnográficos. Los archivos de la antropología en Chile (1880-1980). Santiago: Ediciones Universidad Alberto Hurtado, 2015, p. 370-371).

Esa misma dicotomía fue la que se generó entre Guevara y Ricardo E. Latcham (1869-1943) al momento de definir el origen del pueblo mapuche. Por una parte, Guevara se mantuvo por mucho tiempo cercano a la tesis de la "unidad etnográfica de los indios chilenos" planteada por Diego Barros Arana (1830-1907) y otros historiadores de la época, que creían que todos los grupos indígenas chilenos formaron una sola gran familia que se extendió por el territorio nacional y que era originaria del mismo, teniendo como base solo el análisis lingüístico (Mora, Héctor. "Dinámicas de campo en la emergencia de la antropología científica en Chile. Algunas consideraciones y debates situados a inicios del siglo XX". CUHSO CULTURA-HOMBRE-SOCIEDAD, Volumen 26, Número 2, 2016, p. 134-135).

El matiz insertado por Guevara fue que se abrió a la posibilidad de aceptar varias teorías, principalmente aquellas que indicaron contacto con los indígenas peruanos de la zona andina, aunque desde temprano señaló que los mapuche no tenían una historia o tradición de origen por lo que se podía pensar que siempre se desarrollaron en el mismo territorio, idea que repitió con posterioridad.

Ricardo E. Latcham, por su parte, planteó que los indígenas chilenos procedían de dos lugares distintos: algunos desde la zona centro-andina del continente -tesis "tupi guaraní", es decir, originarios de la zona geográfica del Chaco-, que se asentaron en el centro-norte del país, y otros provenientes de las migraciones desde las pampas argentinas, los que se asentaron en el centro-sur, dando origen al grupo étnico que denominó como moluche (gente de guerra) (González, José. "Ricardo E. Latcham, un científico social. Desde las observaciones etnográficas de la sociedad hasta la arqueología de las culturas originarias chilenas". Revista Alpha, Número 38, 2014, p. 74-75).

Estas ideas fueron desarrolladas desde un inicio en dos trabajos importantes de Latcham, el primero dictado en 1908 en el Cuarto Congreso Científico Chileno (Primero Panamericano) con el título "Antropología chilena" y el segundo publicado en la Revista Chilena de Historia y Geografía en 1912 con el título "Los elementos indígenas de la raza chilena". La contundencia de los argumentos levantados por Latcham, basados tanto en datos históricos como en estudios antropológicos y arqueológicos, obligó a Guevara a aceptar la diversidad étnica de los indígenas chilenos, lo que dejó plasmado a posterioridad en una de sus últimas obras dividida en dos tomos titulada Historia de Chile: Chile prehispano (1925-1927), originada a partir de la participación de Guevara en el Congreso de Historia de Río de Janeiro en 1910 y del compromiso con la Universidad de Chile de redactar una Historia de Chile como parte de un trabajo enciclopédico mayor sobre la Historia de América.

La parte destinada a exponer sobre los pueblos indígenas chilenos fue encargada a Guevara, quien en el texto reconoció las diferencias étnicas de estos -más no la teoría del poblamiento- y las diferentes zonas territoriales que estos ocuparon en el país. Retomó también algunas ideas de la polémica sobre La Araucana y de los cronistas españoles en varios capítulos destinados a los mapuche (VII al XII del tomo I y del XIII al XXII del tomo II). En los capítulos VII y VIII dio cuenta de las diferencias entre los "araucanos" del norte y del sur del país y su relación con los de las pampas argentinas, mientras que el último capítulo del tomo II lo destinó a las tribus "fueguinas".

Este fue el último gran trabajo bibliográfico e investigativo desarrollado por Tomás Guevara antes de retirarse de la academia y alejarse de las polémicas intelectuales.