Para conseguir la Independencia, los patriotas debieron improvisar no sólo un Ejército Libertador sino también una Escuadra Nacional. Con todo, las luchas caudillistas, la crónica falta de recursos, la falta de tripulaciones y de oficiales, de pertrechos y armas, atrasó su formación. Un Plan de Defensa encargado en 1810, no consideró el dominio del mar. Así, el primer intento lo hizo el Cabildo de Santiago, en abril de 1813, al proponer el arme de dos buques de guerra. Durante su mandato, José Miguel Carrera desplegó el mismo esfuerzo e incluso después viajó a Estados Unidos a comprar buques. Empero, fue Bernardo O'Higgins quien, venciendo innumerables obstáculos, pudo armar una pequeña flota en 1818. Contrató la oficialidad entre los extranjeros desempleados tras el fin de las guerras napoleónicas y completó las tripulaciones con levas forzosas. Paralelamente, estableció la Comandancia General de la Marina en Valparaíso y nombró como comandante en jefe a Manuel Blanco Encalada, quien tuvo además la responsabilidad de crear la primera Academia de Guardiamarinas, precursora de la Escuela Naval. El 9 de octubre de 1818 zarpó de Valparaíso la primera Escuadra, compuesta por el navío San Martín, la fragata Lautaro, la corbeta Chacabuco, el bergantín Araucano y el bergantín Pueyrredón, que quedó en puerto para la defensa. La necesidad de reconocerse en el mar, exigió a estos buques el uso de la bandera chilena, cuyo uso se divulgó desde entonces. La captura de una fragata española por Blanco Encalada y los combates de Lord Cochrane (fracaso en El Callao y triunfos en Valdivia y Corral) aseguraron el dominio del mar, sin el cual no hubieran sido posibles ni definitivas las victorias terrestres. Finalmente, acosado por problemas económicos y políticos, tranquilizado por la independencia peruana y el reconocimiento de la soberanía chilena por algunos países, O`higgins disolvió la Escuadra en 1822.