Durante el período colonial, las cárceles y presidios cumplían una función fundamentalmente precautoria y no punitiva. Desde el siglo XVIII, sin embargo, se convirtieron en lugares de reclusión de vagabundos, locos, prostitutas y todo tipo de marginales, en concordancia con el proyecto ilustrado que buscaba reformar y disciplinar a la sociedad en su conjunto.

Los criminales más peligrosos eran enviados a presidios alejados para evitar su contacto con el resto de la sociedad y, en muchas ocasiones, eran literalmente abandonados allí. Los presidios más famosos en todo el período colonial fueron los de Valdivia y el de Juan Fernández. Éste último, ubicado en el archipiélago del mismo nombre, adquirió una fama siniestra durante el período de la Reconquista (1814-1817), cuando muchos dirigentes patriotas fueron confinados allí.