La organización de sistema de prisiones chileno fue un proceso lento y dificultoso que tomó más de setenta años en madurar. En 1843 se ordenó la construcción de una penitenciaría en Santiago, la que debía ser el modelo para la posterior reoganización de todo el sistema carcelario. Sin embargo, la endémica falta de fondos y la persistencia de prácticas judiciales de origen colonial fue un constante obstáculo para la modernización del sistema penal. Los nuevos procedimientos judiciales tardaron en imponerse, a pesar de la promulgación en 1874 del Código Penal.

A inicios del siglo XX se inició un nuevo proceso de renovación del sistema penal. En 1906 se promulgó el Código de Procedimiento Penal y en 1911, finalmente, se creó la Dirección General de Prisiones y se dictó el primer reglamento general para todas las cárceles, presidios y penitenciarías del país. El proceso se completó en 1927, con la unificación y modernización de los cuerpos policiales.