Cerca de 1915, y con motivo de sus viajes como artista plástico, Carlos Isamitt comenzó a interesarse paulatinamente por el folclor de Chile. Fue así como realizó, a lo largo de gran parte de su vida, viajes de estudio y recopilación durante varios meses al año por los cuales intentaba penetrar la "sicología popular" -según sus palabras-, en campesinos e indígenas, para luego centrarse en el estudio de sus manifestaciones materiales e inmateriales.

Sus investigaciones comenzaron en Tierra del Fuego y se desenvolvieron luego en el Archipiélago de Chiloé, para después realizarlas básicamente en la Araucanía, durante los años 30. A partir de la década de 1940 se convirtió en académico del Instituto de Investigaciones Musicales de la Universidad de Chile y sus investigaciones se desarrollan en el centro-sur del país.

Destaca el trabajo que realizó en torno al pueblo mapuche, con el que convivió durante bastantes años en la década de 1930 y, luego, con menos frecuencia durante el resto de sus años de actividad investigativa. El material que logró recopilar es vasto: extensos apuntes etnográficos, dibujos, acuarelas y partituras de especies musicales. Sobre la base de este realizó una tarea de proyección y de composición musical que fue siempre a la par de su trabajo etnológico y folclórico.

En sus perspectivas convergen tanto el folclor de origen mestizo como aquel patrimonio cultural de raigambre indígena de un modo que lo diferencia notablemente de los estudios folclóricos contemporáneos más convencionales. Por lo mismo, se le adjudicó el título de "indigenista" en un país donde el interés por lo étnico no fue tan importante como en otras latitudes del continente americano.

Sus textos transmiten un deseo de hacer visible a la cultura mapuche como parte integral de la nación. Tal gesto lo acerca y a la vez lo aleja de la línea de estudios "araucanos" que venía desarrollándose gracias a especialistas como Rodolfo Lenz, Tomás Guevara y Carlos Lavín, entre otros, precisamente, porque puede dejar de lado el enfoque excesivamente cientificista y, así, proyectar una mirada que incorpora elementos estéticos y humanistas.