Carlos Isamitt Alarcón participó activamente en la integración del folclor musical chileno a la música docta y la investigación académica, práctica que experimentó un desarrollo durante la primera mitad del siglo XX, como parte de la corriente conocida como "nacionalismo musical". En tanto compositor, tal como el maestro Pedro Humberto Allende, se interesó por las sonoridades del Valle Central, conocimientos que trasuntó a una serie de trabajos sobre folclor, la mayoría de estos generados al alero del Instituto de Investigaciones Musicales de la Universidad de Chile.

De un mismo modo, generó una amplia gama de obras musicales donde integró elementos folclóricos mestizos, tanto musicales como temáticos. Ejemplos de ello son El Pozo de Oro (1942), obra basada en una leyenda recogida en la zona del Maule, además de su muy destacado ciclo de composiciones inspiradas en la identidad cultural mapuche, en el cual reflejó sus vastas investigaciones sobre el tema.

Su estilo compositivo es difícilmente clasificable dentro de las definiciones estilísticas corrientes debido a su alto eclecticismo. En su creación se mezclan elementos tomados del impresionismo, así como del expresionismo alemán y de la Escuela de Viena -de la que fue uno de sus primeros difusores en el país, hacia fines de la década de 1930-, elementos a los que incorporó ritmos, estructuras melódicas y elaboraciones armónicas de la música mapuche.

Carlos Isamitt es uno de los compositores nacionales pioneros en la integración, dentro del canon musical occidental, de elementos indígenas que, necesariamente lo alteran en sus sonoridades tradicionales, lo potencian y lo diversifican en sus recursos compositivos y en sus representaciones.