Mientras Guillermo Mann Fischer fue profesor de la Facultad de Educación de la Universidad de Chile, la cátedra de Zoología creció en alumnos y disponibilidad de recursos. Aprovechando esta coyuntura, Mann y el decano Juan Gómez Millas proyectaron la creación de un instituto especial para la disciplina. Finalmente, la iniciativa devino en la creación del Centro de Investigaciones Zoológicas, en 1957.

Fue una época dorada para esta línea de estudios, pues se establecieron numerosos contactos y convenios institucionales en Chile y el extranjero, que permitieron la difusión de las investigaciones nacionales hacia otras latitudes y la transferencia de conocimientos. Se afianzaron secciones de neurofisiología, fisiología comparada y batracología, y se legó a las nuevas generaciones la revista Investigaciones Zoológicas Chilenas (1950-1968), una publicación de la Facultad de Filosofía y Educación de la Universidad de Chile, el Departamento de Parasitología de la Dirección General de Sanidad, el Instituto de Investigaciones Veterinarias de la Dirección General de Agricultura y el Museo Nacional de Historia Natural. Gran parte de sus contenidos permanecen vigentes, siendo aún consultados y citados en publicaciones acreditadas.

Los profesionales del Centro de Investigaciones Zoológicas propiciaron un giro en la forma de hacer ciencias naturales en Chile, pues la descripción y clasificación estricta de taxones fue enriquecida con estudios biogeográficos -esto es, relativos a la distribución territorial de las especies- y con trabajos de caracterización ecológica que comprendieron a los objetos de estudio dentro de una visión sistémica e integradora. Uno de los mayores méritos de Mann es haber liderado este cambio de paradigma en el país. Sin embargo, con su muerte, el Centro dejó de funcionar.