Los documentos del Concilio Vaticano II se llamaron constituciones, decretos y declaraciones por orden de importancia decreciente. Las constituciones fueron cuatro y se referían a la revelación, a Iglesia, a la liturgia, y a la Iglesia en el mundo de hoy. Los decretos fueron nueve y se refirieron a los obispos, los sacerdotes, los religiosos, los seminaristas, los laicos, la Iglesia Católica Oriental, el ecumenismo, las misiones y los medios de comunicación social. Finalmente, las declaraciones fueron tres y se refirieron a la libertad religiosa, a las religiones no cristianas y a la educación. Este conjunto de documentos comenzaron a ser aplicados a partir de 1965 constituyendo el inicio de una nueva época para la Iglesia Católica en el mundo.

La aplicación de las reformas surgidas del Concilio Vaticano II, no estuvo exenta de polémicas. En Francia el obispo Marcel Lefevre se negó aceptar las reformas, convirtiéndose en el líder de algunos sectores tradicionalistas que se oponían a los cambios. Por su acción cismática Lefevre fue excomulgado por Juan Pablo II en 1988. Por la misma época comenzó en Latinoamérica una reflexión teológica progresista de los cambios propuestos por el Concilio Vaticano II que tuvo como consecuencia el surgimiento de la Teología de la Liberación, movimiento liderado por el sacerdote peruano Gustavo Gutiérrez Merino y el sacerdote brasileño Leonardo Boff. Este movimiento fue rechazado por Juan Pablo II en 1986 por la utilización de postulados de origen marxista. Al conmemorar los 40 años de la clausura del Concilio Vaticano II, en diciembre de 2005, el Papa Benedicto XVI señaló que la Iglesia seguía en la actualidad "la ruta de la auténtica renovación conciliar, trabajando incesantemente por la fiel interpretación y ejecución del Concilio Vaticano II".