En los recintos ingresaban mujeres de toda edad, causa y gravedad del delito. A partir de la década del treinta, esta heterogeneidad fue una de las características más criticadas. No obstante, la demanda más temprana y relevante fue la conversión del sistema a uno estatal y laico, tal como desde 1842 ocurría con los hombres.

El debate sobre este tema expuso como una contradicción que en un Estado moderno la determinación de la disciplina penal estuviese en manos de la dirección de una orden religiosa, y no de un reglamento estatal. Así también se cuestionó el modelo correctivo del Buen Pastor, esgrimiéndose que no era efectiva su obra en el plano de la readaptación laboral.

La inquietud sobre la necesidad de emprender reformas al sistema carcelario femenino provino en importante medida de agrupaciones femeninas y mujeres profesionales. Por ejemplo, en 1933, año en que emergía el movimiento feminista, el Comité Nacional Pro Derechos de la Mujer, liderado por reconocidas figuras políticas, como Felisa Vergara y Marta Vergara, se dirigió al Presidente de la República, Arturo Alessandri, para solicitar un reglamento para las Casas de Corrección. Además de las críticas esbozadas más arriba, el Comité señaló la urgencia de modificar las medidas de privación de libertad para aquellas mujeres que ejercían vida política, las cuales terminaban compartiendo prisión con las criminales comunes. Felisa Vergara, en comisiones políticas y a través del periódico La Mujer Nueva, denunció el abandono material e higiénico de los penales, repudió la imposición del catolicismo a las reclusas, sostuvo la necesidad de un tratamiento especial para las menores, e instó al Estado a fomentar el trabajo remunerado de las reclusas a través de la solicitud de servicios. En los años cincuenta y sesenta, se visibilizaron más falencias y surgieron nuevas proposiciones para reformar un sistema que, en lo esencial, seguía en similares condiciones. Los primeros estudios sobre delincuencia femenina se originaron en el Anexo Criminológico que se instauró en la Casa Central de Corrección de Mujeres de Santiago el año 1937. Igualmente relevantes para el diagnóstico y sugerencia de cambios imperativos del sistema fueron las tesis de licenciatura de estudiantes de derecho, asistencia social y psicología.