A fines de la década del setenta, Egon Wolff regresó a la actividad teatral universitaria chilena que, tras las convulsiones políticas y sociales del país, comenzaba a moverse desde la experimentación estética y el ensayo ideológico hacia la masificación comercial. En 1978, Eugenio Guzmán volvió a dirigir un texto suyo, Espejismos, por primera vez para el Teatro de la Universidad Católica de Chile (TUC). Al año siguiente, Wolff asumió como profesor titular de Dramaturgia en la Escuela de Teatro de la misma casa de estudios, actividad académica que se afianza con su ingreso como Miembro de Número a la Academia Chilena de la Lengua en 1983.

Durante las últimas dos décadas del siglo XX, Egon Wolff alternó el estreno de sus textos en salas comerciales o municipales con los del TUC. En la sala Eugenio Dittborn de esa universidad se montó su tercera obra mayor, La balsa de la Medusa (1984), además de otros textos relevantes de su obra tardía como Háblame de Laura (1986, ambas dirigidas por Héctor Noguera) o Cicatrices (1994, dirigida por Paz Vial). Mientras, en salas privadas se llevaban a escena comedias y otras obras de vocación comercial como El sobre azul (1978, con dirección colectiva del Grupo Thais), Álamos en la azotea (1981, dirigida por Jaime Vadell para el Teatro Municipal de Santiago), Claroscuro (1995, dirigida por Cristián Campos) o Encrucijada (2000, dirigida por Loreto Valenzuela). A esta creciente participación en el teatro de pretensión masiva se suma su breve participación como guionista de teleseries en el canal de televisión de la Universidad Católica, de gran popularidad a fines de los años ochenta.

Un punto de inflexión en esta aparente dicotomía entre teatro académico y comercial es el montaje de Invitación a comer en 1993, donde por primera y única vez Egon Wolff asume la dirección escénica. La experiencia es decepcionante para el dramaturgo, que a la crisis en su relación con el teatro suma la tragedia, debido a la muerte por un accidente automovilístico de su esposa Carmen Peña Guzmán, en diciembre de 1995. El matrimonio en segundas nupcias que contrae con su cuñada Ana María Peña Guzmán en 1997, y la obtención del Premio José Nuez Martí de Teatro en 2001, son hechos que se contraponen a su retiro de las aulas universitarias en 1996 y a su decisión de dejar el teatro activo a partir del año 2000. Desde entonces ha escrito cuatro textos dramáticos que hasta hoy no han sido montados, Papá gorrión (2000), el monólogo Crónicas de un edificio psicótico (2002), Entendiendo a Tito (2004) y Regreso a Comahue (2004), donde vuelve al mundo de su teleserie inédita de 1988. Por su parte, Tras una puerta cerrada (escrita en 2000 y estrenada en 2010, bajo la dirección de Felipe Arellano) cierra el ciclo de Los invasores, Flores de papel y La balsa de la Medusa, que se integran a esta obra postrera como una tetralogía que concibe las fronteras espaciales, temporales, socioeconómicas, psíquicas y metafísicas del ser humano como un solo fenómeno de conocimiento ético.

Pese a esporádicos viajes a Curicó durante 2002, donde el Centro de Extensión de la Universidad de Talca reestrenó su obra Encrucijada, y a Iquique, donde en 2005 la compañía Tenor estrenó La recomendación (que en 2003 fue seleccionada en la Muestra de Dramaturgia Nacional), Egon Wolff se mantiene retirado en su parcela de Calera de Tango, donde ha cambiado la dramaturgia por la pintura en acuarela.