Tras el incendio, el Arzobispo de Santiago comenzó las gestiones necesarias para reconstruir, como en ocasiones anteriores, el templo de la Compañía de Jesús. Sin embargo, la opinión pública y las autoridades municipales preferían demoler sus ruinas por considerarlas un reto al dolor. Cerca de 2.000 personas se reunieron frente al Palacio de Gobierno para solicitar la demolición definitiva de los restos de esta iglesia. El gobierno aceptó la solicitud y, a través de un decreto del Ministerio de Culto e Instrucción promulgado el 14 de diciembre de 1863, se procedió a la realización de los trabajos, los que demoraron cerca de dos años en concretarse. En el lugar dejado por las ruinas se levantó un monumento en recuerdo de las víctimas.

Otro problema que surgió luego de la demolición, fue la discusión en torno al dominio del territorio. Los civiles afirmaban que tras la expulsión de los jesuitas, los terrenos habían pasado a manos del Estado. Mientras tanto, los clérigos afirmaban que estos pertenecían a la Iglesia ya que eran usados para consagrar. Así, más allá de las víctimas y el dolor, tras la tragedia las pugnas entre el poder del Estado y la Iglesia continuaron caracterizando las relaciones entre estos dos poderes.