El Musiquero presentó siempre una gran preocupación por revalorizar el folclor chileno y difundirlo tanto en el país como en el extranjero: "Cuando decimos 'popular' nos referimos a todos los individuos que forman el conglomerado humano que se denomina 'pueblo'. Durante mucho tiempo se pensó que el folklore provenía de las clases bajas y era una manifestación inculta. Creo que hemos superado este error. Carecer de instrucción no significa falta de cultura. Nuestro pueblo, en sus esferas más humildes, es culto" (El Musiquero, número 18, 1969, pág. 6).

Uno de los puntos conflictivos de su línea editorial se refiere al rechazo hacia las corrientes dominantes de la música extranjera, que habían cumplido siempre un papel de referencia en la música nacional. En el número 22 de la revista, dedicado íntegramente al folclor chileno, se señalaba: "Entendemos que una zona folklórica pierde su autenticidad cuando se deja influenciar por corrientes foráneas que pueden llegar por la carretera recientemente inaugurada o, por radio, que funciona gracias a la electricidad que por primera vez llega a esa región" (El Musiquero, número 21, 2° quincena agosto 1965, p. 5).

No obstante, los primeros números de El Musiquero mostraron una estrecha relación con la influencia de la música italiana en Chile, teniendo incluso algunas secciones especializadas como: "Italia", sección especial sobre música italiana en la que se habla de "el milagro italiano" en la música chilena (El Musiquero, número 1, abril de 1964, p. 10); "San Remo año a año", sección que apareció en los primeros números de la revista y que desapareció junto con el festival. Cabe mencionar que el chileno Antonio Prieto participó en 1964 en la versión número 14 de San Remo con la canción "Lo ho incontrato mia madre", un hecho destacado para la escena nacional en el extranjero.

De todos modos, El Musiquero presentó una mirada progresista respecto del folclor, señalando que este podía renovarse y cruzarse con otros estilos. Una prueba de ello fue el gran apoyo que brindó al movimiento de la Nueva Canción Chilena, a la Peña de los Parra, la Peña de Margot Loyola, etc. Sin embargo, su discurso no se vinculó directamente con los movimientos sociales, ni se impregnó del clima político de polarización que poco a poco se asentaba en Chile de los años sesenta. Los redactores procuraron limitarse a incentivar lo nacional y establecer claramente los límites de lo chileno: "Creemos que así como se forman clubes de admiradores de artistas extranjeros, estamos justamente en el momento de formar un gran Club de Admiradores del Folklore Chileno (…) para que toda la juventud chilena se vuelque en este movimiento, en forma encauzada y dirigida, que es la única manera de contribuir a hacer una patria musical grande y respetada en todo el mundo" (El Musiquero, número 13, abril de 1965, pág. 3).

La asimilación de nuevas tendencias en la música, como por ejemplo el rock, fue realizada desde una perspectiva que, en ocasiones, podía ser condescendiente. Haciendo referencia a estos músicos con expresiones como "Chascones de pelo largo" o bien "niñitos y niñitas poco profesionales" (El Musiquero, número 34, octubre de 1966, p. 3), la publicación rechazaba las tendencias foráneas y reconocía en el folclor a la principal música chilena de exportación.