Entre los españoles avecindados en América, la penitencia fue un rito obligatorio y que, al igual que en el caso de los indios, suponía el control de las costumbres, pensamientos y prácticas cotidianas. A través de largos manuales diseñados para confesores y penitentes, a ellos se les exigía -a diferencia de los indios- que el arrepentimiento por los pecados cometidos fuese perfecto (contrición), ya que se entendía que ellos tenían más asentada la religión cristiana y sus principios morales, aunque en la práctica muchos fuesen tan neófitos como los indios en estas materias. Cada pecado fue definido con tal minuciosidad que muchos de estos manuales versaban también sobre cómo evitar la "enfermedad de los escrúpulos", es decir, considerar pecado lo que no lo es.