"... porque tratar a los indios de otras materias de la sagrada escritura o de puntos delicados de teología, o de moralidades, y figuras como se hace en españoles, es cosa por ahora excusada, y poco útil; pues semejante manjar sólido, y que ha de menester dientes, es para hombres crecidos en la religión cristiana...".

Iglesia Católica. Tercer Catecismo y exposición de la doctrina Christiana por Sermones para que los curas y otros ministros prediquen, y enseñen a los Indios y a las demás Personas Conforme a lo que se proveyó en el Santo Concilio Provincial de Lima el año pasado de 1583.

Con la llegada de las primeras órdenes religiosas a América Latina, se comenzaron a ensayar diferentes formas de convertir a los naturales al cristianismo. En los primeros años de conquista y evangelización, las autoridades eclesiásticas consideraron que para obtener el perdón, ellos sólo debían realizar una confesión general o sentir un profundo arrepentimiento por los pecados cometidos, sin ser necesaria una confesión auricular. De este modo, se entendía que los naturales o paganos podían obtener la gracia por obra de la fe implícita y la moral inherente con que fueron caracterizados por los españoles hasta las postrimerías del siglo XVI.

Nuevas políticas en las leyes de Dios y de los hombres se hicieron patentes con la paulatina adaptación del Concilio de Trento a la realidad americana, a través del Tercer Concilio Limense (1583), el que sirvió de base a toda la provincia eclesiástica peruana -incluyendo Chile- hasta fines del siglo XVIII. Entre los cambios que impuso esta convención, estuvo la obligatoriedad de la confesión auricular para todos los indios, a quienes se les instruyó de forma diferente en comparación con los españoles o criollos, puesto que eran considerados incapaces, inferiores, bárbaros o infantes en temas de fe y, por lo tanto, ineptos para llegar a un verdadero arrepentimiento sin la ayuda del confesor.

En los manuales de confesión escritos para los confesores de indios, se puso especial hincapié en el reconocimiento de aquellos pecados que antes eran costumbres habituales entre los indígenas, como hábitos sexuales, rituales o festividades. Debido a esto, la confesión entre los indios ha sido definida como un instrumento de aculturación e individualización que colaboró con la subordinación de los indios y contribuyó a la construcción del sistema colonial en América. (Gruzinski, Serge. "Aculturación e individualización: modalidades e impacto de la confesión entre los indios nahuas de México. Siglos XVI-XVIII". Cuadernos para la historia de la evangelización en Latinoamérica (1): 9-33, 1986).

Un asunto no resulto y que fue tema constante en los tratados de confesión para indios, fue la capacidad de éstos por sentir contrición. Coincidiendo con las campañas de extirpación de idolatrías, una constante sospecha de fingimiento y falsedad fue recayendo sobre los indios, a quienes por su supuesta incapacidad, rusticidad, poco entendimiento y brutalidad, se les negó y cuestionó la facultad de sentir un verdadero arrepentimiento por los pecados cometidos.