La Academia Militar fue establecida mediante un decreto firmado por Bernardo O'Higgins y el Ministro de Guerra, Ignacio Zenteno, el 16 de marzo de 1817. Éste señalaba que el Ejército Nacional requería de un depósito de donde pudieran sacarse oficiales ya formados e instruidos para llenar las vacantes de los regimientos y cubrir los cuerpos de las milicias cívicas. La Gaceta del Supremo Gobierno de Chile llamó entonces a los jóvenes a integrarse a la recién creada Academia. Sin embargo, la Academia fue disuelta en enero de 1819 debido a los preparativos de la Expedición Libertadora del Perú y se intentó reorganizarla, sin éxito, en la década de 1820. Ya bajo el mandato de José Joaquín Prieto y Diego Portales, en 1831, fue reabierta. Se dispuso que los cadetes alistados en los cuerpos del Ejército debían ser dados de baja, con la finalidad de pasar a la Academia para adquirir la formación teórica y práctica requerida para su desempeño profesional. El nuevo Director de la Academia Militar fue el General Luis José Pereira, pero debido a las urgencias de la guerra contra la Confederación Perú-Boliviana, no dispuso de un presupuesto que permitiera un buen funcionamiento. Recién en 1842, durante el gobierno de Manuel Bulnes, se promulgó una ley que suprimía a los cadetes en los cuerpos del Ejército, ordenando el establecimiento de una Academia Militar para enseñar a cadetes y cabos. Al año siguiente se cambió su nombre de Academia a Escuela Militar. Se introdujeron nuevas materias en los cursos, en especial la Historia, se perfeccionó la enseñanza de la ingeniería y de la artillería. En 1862 y 1866 se dictaron nuevos reglamentos que recogían fuertemente las disposiciones francesas.

Según la editorial de El Mercurio Valparaíso del 26 de octubre de 1876, el 23 de octubre de ese año la Escuela Militar enfrentó problemas disciplinares que significaron su cierre entre 1876 y 1878: "'La reciente sublevación promovida y capitaneada por uno de los pensionistas de la Escuela Militar ha sugerido al gobierno la necesidad de plantear una seria reforma o suprimirla. Si ha de subsistir, se suprimirá por lo menos, la sección de alumnos pensionistas, que casi siempre son niños incorregibles de las familias, y se establecerá un severo régimen penal para los pocos alumnos del estado que se admitirán en la Escuela". Hacia octubre de 1878, se promulgó el decreto que permitió su reapertura a partir de 1879, bajo la dirección de Emilio Sotomayor (Anuario de la Academia de Historia Militar, número 26, 2012, págs. 47 y 48).