Según las reglas y constituciones, la caída o pérdida de la justicia de Dios podía recuperarse con trabajos, penitencias y mortificaciones. El Concilio de Trento (1545-1563) dedicó mucho tiempo a debatir respecto a la penintencia en general y a la mortificación corporal en particular, recomendando que ésta última se realizara de forma privada, como consecuencia directa del formato íntimo que adoptó el sacramento de la penitencia como confesión.

La mortificación tenía dos aplicaciones: la aflicción del cuerpo y el disciplinamiento de él por medio de la propia voluntad para vencer los sentidos y movimientos de la naturaleza carnal. Por medio de la sujeción, dominio y subordinación de lo inferior a lo superior se aspiraba a volver al estado original y armónico, a lo que ayudaba la disciplina monástica a través de las reglas y constituciones: "domad vuestra carne con ayunos y abstinencias", decía la Regla de San Agustín.

Cada monja en el espacio privado de su celda y en la intimidad de la soledad realizaba obras de mortificación regidas por los modelos de las santas patronas de sus órdenes y advocaciones propias de sus conventos, con el objetivo de imitar a Cristo, lo que se plasmaba además en la iconografía específica que se encontraba en los claustros, en torno a las cuales también se organizaban las meditaciones.

Santa Rosa de Lima (1586-1617), la primera santa americana, fue un gran modelo para las religiosas de la región y las mujeres devotas en general. Sin embargo, sus excesos en la mortificación dieron paso a que muchos confesores y directores espirituales afirmaran que era santa para admirar, pero no para imitar: "Solamente las plantas de los pies no habían padecido, pues todas las demás partes del cuerpo, estaban bien atormentadas (...)Dio a un Platero orden que le hiciese un cerco de plata para la cabeza y en él puso tres ordenes de puntas agudísimas, cada orden con treinta y tres, en memoria de los treinta y tres años que vivió Nuestro Salvador en esta vida mortal, que haciendo todas noventa y nueve, otras tantas heridas la causaban" (De Lorea, Antonio. Santa Rosa, religiosa de la Tercera Orden de Santo Domingo, patrona universal del nuevo-mundo, milagro de la naturaleza y portentoso efecto de la gracia..., Madrid, por la viuda de Juan García Infanzon, año de 1726) Facultad de Filosofía y Humanidades, Universidad de Chile, Biblioteca Central, colección Ricardo Latcham, capítulo III, pp116-117).