La irrupción y desarrollo de la filosofía positivista en Chile respondió en parte a una serie de problemas políticos y sociales que se venían ya incubando en la década de 1870. El creciente proceso de industrialización, experimentado por la sociedad chilena hacia fines del siglo XIX, y la influencia política, social y filosófica ejercida por importantísimos acontecimientos de la por entonces conflictiva Europa, entre otros factores determinantes, impulsaron a una también creciente agudización del conflicto entre los poderes políticos y civiles propios de la Iglesia y del Estado.

En el gobierno de Domingo Santa María la agudización se hizo insostenible, surgiendo, desde las reflexiones de los intelectuales liberales y positivistas chilenos, la posibilidad de la separación irrestricta entre los ámbitos jurisdiccionales eclesiásticos y los estatales. Los debates parlamentarios fueron numerosos y encendidos. Y aquellos participantes que, en su gran mayoría, eran hombres públicos como Lastarria, no se quedaron atrás ni en reflexión ni en acción. El tema resultó ser de gran envergadura porque, entre otras cosas, estaba en cuestión la concepción moderna del estado laico, progresista y secular. Además de dicho problema, surgió lo que se ha denominado las Cuestiones Sociales, cuyas primeras leyes fueron promulgadas bajo el gobierno de Santa María, y no con total beneplácito de los positivistas chilenos, dado el marcado carácter conservador que sostenía a dichos intentos reformistas. Se encendió el debate, y mientras los hermanos Lagarrigue publicaban una serie de pequeños pero importantes artículos en torno a dichas cuestiones, José Victorino Lastarria trabajaba ya en la diputación por el distrito zonal Rancagua, cargo que se convirtió en la palestra de defensa del liberalismo político, filosófico y económico que sustentaba a su pensamiento.

Sin embargo, la cuestión de las leyes sociales y la separación irrestricta de los poderes de la Iglesia y de los del Estado sólo quedaron definitivamente selladas en la década de los años veinte, bajo la presidencia de Arturo Alessandri Palma.