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Dificultades políticas y militares

Poco antes de que sucediera el ataque a Santiago dirigido por Michimalongo, en septiembre de 1541, Alonso de Monroy, teniente general de gobernador, informó a Pedro de Valdivia, que se encontraba fuera de Santiago, que se había descubierto una conspiración encabezada por Antonio de Pastrana para asesinarlo. Valdivia tomó la difícil decisión de impartir el máximo castigo a los cinco conspiradores que estaban entre los más ilustres miembros de su hueste. Mueren todos en la horca. Poco después el bergantín que se estaba construyendo en las cercanías de los lavaderos de oro del Marga-Marga, fundamental para su comunicación con Perú, fue totalmente destruido en un ataque indígena.

Por entonces corrió el rumor de un posible ataque general indígena dirigido por un solo jefe, el toqui Michimalongo. Valdivia mandó apresar a todos los caciques del valle del Mapocho para evitar que se unieran a la sublevación general. Posteriormente dejó a Alonso de Monroy junto a 50 hombres y algunos cientos de indígenas yanaconas para la defensa de Santiago, y se encaminó junto con el resto de sus hombres hacia el Cachapoal en un intento por detener el ataque. Pero los indígenas ya estaban organizados, se habían unido los del Mapocho, Cachapoal y Aconcagua bajo el mando de Michimalongo y, según los cronistas, debían superar en numero los 100 mil. El ataque a Santiago del 11 de septiembre significó la destrucción de casi todas las construcciones levantadas en la ciudad.