Desde 1563, el actual territorio de Ecuador formó parte de la Real Audiencia de Quito el que, en términos administrativos, dependía del Virreynato del Perú. Entre 1717 y 1723 y luego en forma definitiva en 1740, pasó a formar parte del recientemente formado Virreynato de Nueva Granada, con sede en Santa Fe de Bogotá. A pesar de estos cambios, conservó un alto grado de autonomía local, garantizado por la presencia de la Real Audiencia en Quito.

Durante los siglos XVI y XVII los cronistas no aludieron directamente a Ecuador sino al interior de obras más generales sobre el Perú; la excepción fueron los relatos de exploradores que recorrieron la región amazónica de Ecuador y los sacerdotes que establecieron misiones en la zona de Maynas.

Durante el siglo XVIII, aparecieron obras históricas y descriptivas que trataban específicamente la Audiencia de Quito y las regiones aledañas a ésta. Entre ellas, cabe destacar el Compendio Histórico sobre Guayaquil que publicó Dionisio de Alsedo y Herrera en 1741 y la descripción de la Real Audiencia de Quito de Juan Pío Salvaalegre, publicada en 1790.

Sin embargo, la crónica colonial más importante relativa al territorio ecuatoriano es la Historia del Reino de Quito en la América Meridional del jesuita Juan de Velasco, en la que realiza una detallada descripción de la geografía, la flora y fauna de Ecuador, así como de la historia preocolombina y colonial del país. Terminada en 1789, la obra de Velasco fue acusada de poser un espíritu "poco científico", en particular su primera parte, dedicada a la historia natural. Ello llevó a que gran parte de su obra permaneciera inédita hasta 1842, en que fue publicada por primera vez de manera completa.