El descubrimiento y conquista hispana de México cambió completamente la visión de los europeos con respecto al Nuevo Mundo. La riqueza y prosperidad de los pueblos nativos, su complejo sistema de gobierno y los avances económicos y científicos deslumbraron a los conquistadores. En tanto, las costumbres y ritos religiosos de los pueblos mesoamericanos generaron un fuerte rechazo, en particular la práctica de los sacrificios humanos.

Los primeros relatos de la conquista de México reflejaban ambas actitudes, enzalzando la hazaña de los conquistadores hispanos y atacando las costumbres de los indígenas, consideradas bárbaras e inhumanas. De estas primeras narraciones, se puede destacar las cinco cartas de relación enviadas por Hernán Cortés al rey de España entre 1519 y 1526; la crónica de Francisco López de Gomara, escrita sobre la base de los datos entregados por Hernán Cortés y publicada en 1552 con el título de Historia general de las Indias y conquista de México; y la Historia verdadera de la conquista de la Nueva España del soldado Bernal Díaz del Castillo, escrita en 1555, pero publicada recién en 1632.

Durante el siglo XVI, sacerdotes católicos de distintas órdenes religiosas investigaron el mundo indígena y la historia precolombina de México, con la finalidad de establecer estrategias efectivas de cristianización de los pueblos nativos sometidos. De las crónicas eclesiásticas del período, muchas de las cuales quedaron inéditas hasta el siglo XIX, destacaron la Historia de los indios de la Nueva España escrita en 1541 por el franciscano Toribio de Benavente, apodado Motolinía (el pobre) por los indígenas; la Historia natural y moral de las Indias (1590) del jesuita José de Acosta, en la que describe las costumbres de los indígenas de Perú y México y la Historia eclesiástica indiana del franciscano Jerónimo de Mendieta, escrita alrededor de 1597. Sin embargo, la obra más importante sobre el mundo indígena mexicano fue la Historia General de las cosas de la Nueva España de Bernardino de Sahagún, monumental documento basado en códices e informantes indígenas, que permaneció inédito hasta inicios del siglo XIX.

A inicios del siglo XVII, varios cronistas indígenas o mestizos como don Fernando Alvarado Tezozómoc, Chimalpain Cuauhtlehuanitzin y Fernando de Alva Ixtilixóchitl, descendientes de la antigua nobleza indígena, escribieron en idioma náhuatl o en castellano sus propias historias, basadas principalmente en documentos de procedencia prehispánica. Ya imbuidos en la manera europea de escribir la historia, sus imágenes del mundo antiguo pueden describirse, no obstante, como los primeros intentos indígenas de defender, ante el mundo español, sus tradiciones e historia.

A fines el siglo XVIII, destacó la obra Historia antigua de Mexico del jesuita Francisco Javier Clavijero. Publicada originalmente en italiano en 1780, pronto fue traducida a los principales idiomas de Europa y se convirtió en una de las crónicas más difundidas del México precolombino.