Cuando Cristián Huneeus regresó a Chile dio una entrevista para la revista Ercilla donde declaró: "Es extraño volver. Uno ansía y teme al regreso: lo ansía por la nostalgia y lo teme por la posibilidad de encontrarse desvinculado a su medio. Ese miedo al retorno es peor que el que inspira lo desconocido. Angustia más la inquietud de que lo propio se nos haya alienado, se nos haya vuelto ajeno, que la de enfrentar algo que jamás se había visto" ("Críticas y nostalgia", Ercilla, 15 de febrero, 1967).

Su deseo siempre fue el de quedarse en Chile y vivir de su trabajo de escritor, sin embargo siempre entendió que aquella empresa era muy difícil. Cristián Huneeus constantemente recalcó que la falta de lectores chilenos tenía su origen en un aislamiento cultural del país. Por ello, lamentó que los autores no pudieran sustentarse con su producción literaria: "No pretendo vivir de mi trabajo como escritor. El público lector en Chile no es lo suficientemente numeroso ni las relaciones culturales y editoriales latinoamericanas están lo suficientemente organizadas como para mantener escritores. Todos tenemos que ganarnos la vida de algún modo. Aceptamos la situación sin pedir imposibles. Yo pretendo ganármela como universitario, enseñando lo que he aprendido, literatura inglesa. Primero tendré que obtener trabajo en alguna universidad y después tendré que ver si es posible ganarse la vida como universitario en Chile. Nuestros sueldos son inconcebiblemente más bajos, no diré que en Inglaterra o Estados Unidos, sino que en otros países en desarrollo como Ghana, Nigeria, India, México, Venezuela. Esta situación revela una pavorosa falta de visión: nuestra sociedad podrá desarrollarse en el plano económico, pero si no se desarrolla paralelamente en el plano educacional, acabará en el vacío. Sin incentivos económicos, muchos universitarios potenciales se dedican a otras cosas; los que se arriesgan se ven obligados a recargarse de trabajo, lo que les impide dar lo mejor de sí mismos, y muchos otros se van con su música al extranjero. Se exige a los universitarios que sean 'idealistas', se les dice que la enseñanza es una labor de 'sacrificios'. Esta manera de pensar es una grotesca herencia de la hipocresía conservadora que mucha gente en la profesión acepta como perfectamente natural. La enseñanza es una ocupación que requiere talento, entusiasmo y dedicación, cualidades que en toda otra profesión que supone estudios avanzados se paga" ("El exilio de Cristián Huneeus", Ercilla, (1592): 36-37, 8 de diciembre, 1965).

Establecido en Chile, colaboró en la fundación del Departamento de Estudios Humanísticos de la Universidad de Chile, donde además dictó clases de literatura. Posteriormente, desde 1972 a 1975 fue director del Departamento, efectuando grandes aportes. Renunció en 1976 definitivamente y se trasladó a Nueva York por un año para asistir a la Writing Division de Columbia como Visiting Fellow. A su regresó no volvió a ejercer la docencia.