El Centro de Estudios Humanísticos de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad de Chile, y posterior departamento, fue fundado en el año 1964, a instancias del decano de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas, Enrique D´Etigny, quien encargó al filósofo Roberto Torretti la creación de un centro de investigación y docencia orientado a incentivar la formación humanista de los estudiantes de ingeniería.

El Departamento de Estudios Humanísticos contó con una planta docente compuesta por importantes filósofos de la época, como Carla Cordua, José Echeverría, Patricio Marchant, Marcos García de la Huerta y Juan de Dios Vial Larraín, además del nombrado Torretti, quien se encargó de dirigir gran parte de las programaciones de cursos para las áreas de filosofía, historia, lenguas y literatura. Hacia el año 1975, ya se habían integrado a la planta los escritores Enrique Lihn, Nicanor Parra, Ronald Kay y Jorge Guzmán.

El Departamento constituyó una de las pocas instancias universitarias que después del golpe militar continuaron con el estudio de la filosofía. Posteriormente, y ya hacia fines de la década del setenta e inicios del ochenta, comenzó a surgir en su seno un interesante movimiento artístico y literario de la mano de escritores jóvenes como Elvira Hernández, Raúl Zurita, Soledad Fariña, Eugenia Brito o Damiela Eltit.

En 1976, el Departamento pasó a depender definitivamente de la Facultad de Ciencias Físicas y Matemáticas de la Universidad de Chile. A partir de entonces, hasta la fecha de su cierre en el año 2004, funcionó en las instalaciones de la misma facultad.