Desde la fundación del Instituto, la dirección de la enseñanza se confió a un consejo llamado Tribunal de Educación Pública, constituido por dos protectores, uno civil y uno eclesiástico; el rector del Instituto Nacional; el vicario eclesiástico y un senador. El Instituto Nacional estaba formado por dos secciones: una de alumnos externos y una de pensionistas o alumnos internos. Los diversos cursos que se impartían eran repartidos en seis años. En sus inicios eran 19 cátedras en total, las cuales comprendían todos los cursos secundarios y profesionales de abogacía, medicina, teología y ciencias matemáticas. Cuando se planteó por primera vez la formación del Instituto Nacional, en 1813, los patriotas chilenos se encontraban en una situación de guerra con los realistas en el sur del país, de ahí que sus fundadores consideraron imprescindible que éste contemplara una preparación militar. Ningún joven podía pretender dedicarse sólo a la educación de la mente y el espíritu, sin considerar la entonces necesaria preparación del cuerpo para la guerra. La escuela militar, que se estableció junto con los demás cursos del Instituto, coronaba los servicios que éste estaba llamado a prestar al país, fomentando en los jóvenes una inclinación guerrera, propia de la época, que se hacía muy necesaria para "sostener y defender por la fuerza, cuando no bastara la razón", según las palabras de Emilio Bello en su discurso histórico de 1863. La educación militar se mantuvo hasta la creación definitiva de un ejército nacional profesional. Los planes de instrucción fueron cambiando a lo largo del siglo XIX, incorporándose nuevas cátedras y nuevos cursos según las necesidades del país y de acuerdo a los modelos europeos, especialmente el francés.