Junto con desarrollar una vasta producción dramatúrgica, Isidora Aguirre ha cultivado una interesante faceta narrativa, principalmente como autora de obras en las cuales la memoria se entremezcla con la ficción. Tal es el caso de su primera novela, Doy por vivido todo lo soñado, escrita al modo de una crónica autobiográfica en la que se recrea un pasado feliz a partir de las evocaciones de varias generaciones. Algo similar sucede con su obra Carta a Roque Dalton, novela y carta de amor, escrita como un monólogo en homenaje al poeta salvadoreño Roque Dalton, que vivió algún tiempo en Chile antes de morir trágicamente en 1975.

Otra obra suya escrita también en clave autobiográfica es Santiago de diciembre a diciembre, crónica de la vida militante en los días previos al ascenso del presidente Salvador Allende, en plena campaña política de la Unidad Popular.