José Zapiola ingresó el año 1812 a la Escuela de Primeras Letras de la calle Compañía, fundada por el presbítero Miguel Sáez. Su director era fray Antonio Briseño, "personificación del dómine colonial" (Pereira Salas, Eugenio. Prólogo, "Prólogo". Recuerdos de treinta años, p. 11), como lo describía el propio Zapiola. En la época del método "la letra con sangre entra", Fray Briceño -posteriormente profesor del Instituto Nacional- fue suspendido varias veces por maltratar a los alumnos, hasta ser destituido en 1833, dos años antes de su muerte.

José Zapiola "tenía sólo ocho años cuando se realizó el Cabildo Abierto del 18 de septiembre de 1810. Tenía entre 12 y 15 años durante la época de la reconquista española" (González, Héctor. "Un libro de hace un siglo", p. 5). A esa edad, José solía tararear canciones populares y toques de corneta y "se aburría en la escuela, por eso apenas aprendió a leer se retiró" (Portales, "La música de un pelucón", p. 6). Samuel Claro, en cambio afirma que Zapiola se vio obligado a abandonar el colegio por falta de dinero (Claro, Samuel. "José Zapiola, músico de la Catedral de Santiago", Boletín de la Academia Chilena de la Historia (88), 1974, p. 229). Durante esos años comenzó a asistir a un taller de joyería con Elías Espejo, "señalado platero de la Patria Vieja" (Pereira Salas, op. cit., p. 12), gracias a quien aprendió ese oficio.

Vivía en la calle San Antonio, entre Santo Domingo y Monjitas. Se cuenta que hacían combates con piedras de una casa a otra, "de los cuales le quedó una cicatriz en la frente" (Portales, ibíd.). Ya a los 17 años de edad comenzó a frecuentar los cafés, las fondas y las chinganas.