El 3 de septiembre de 1891, Juan Rafael Allende se encontró con su hermano atado de manos en los altos de la Intendencia, esperando ser fusilado en la Plaza de Armas por su filiación balmacedista. A empujones fueron arrojados dentro de un carro de la policía, mientras una multitud enfurecida los insultó, escupió y les arrojó toda clase de objetos. Esperaron largo rato dentro del carro celular; pero, en lugar de llegar la ejecución, fueron conducidos a una celda de la Penitenciaría donde debieron esperar que su pena fuera confirmada por la Junta de Gobierno. Mientras esto ocurría, la Junta recibió un llamado telefónico del intendente de Valparaíso, Eulogio Altamirano, advirtiendo la inconveniencia de ajusticiar a los hermanos Allende, a causa de la consternación existente entre los extranjeros residentes en el puerto causada por el fusilamiento de León Lavín, otro periodista partidario de Balmaceda. Así, Juan Rafael Allende y su hermano salvaron sus vidas.