En 1391 las autoridades de España decretaron la conversión forzada de los judíos, lo cual significó el origen de la persecución de quienes practicaban esta religión y la cristianización de buena parte de los judíos hispanos de entonces. Prácticamente cien años más tarde, en 1478, los Reyes Católicos Fernando de Aragón e Isabel de Castilla fundaron el Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición, institución encargada de castigar las herejías e imponer la religión católica en la península ibérica. Poco después, la acción de la Inquisición se reforzó a través del decreto promulgado el 31 de marzo de 1492 que establecía de expulsión de los judíos sefarditas de todo el territorio español.

En estas circunstancias, aunque la gran mayoría de los creyentes mantuvo en secreto su fidelidad al judaísmo, otros en cambio, optaron por el destierro con la ilusión de encontrar un mejor lugar donde vivir su fe o decidieron convertirse al catolicismo para evitar la persecusión que sufrían los falsos conversos por parte de la Inquisión.

Las penas de los que eran descubiertos por el Santo Oficio iban desde los azotes, el destierro, la galera, la prisión o el uso del sambenito; hasta la muerte en la hoguera o por estrangulamiento considerado como una gracia por convertirse en útimo momento. A ello se sumaba la incautación de los bienes particulares, además de la ruina y el desamparo de los familiares.

Teniendo en cuenta que la partida de la expedición de las tres carabelas ocurrió poco después del decreto del 31 de marzo de 1492, historiadores como Salvador de Madariaga han planteado que la mayoría de los tripulantes del viaje de Cristóbal Colón eran judíos pues las cárceles donde se reclutó a los tripulantes se hallaban atiborradas de ellos. De este modo, ha surgido la idea que entre los conquistadores hubo más descendientes de "marranos" de lo que lo que oficialmente se ha aceptado.

En todo centro urbano y poblado estable de las colonias españolas había una porción de "portugueses" que ocupaban varias funciones sociales y económicas desde los oficios más humildes como criados, arrieros, agricultores o mineros, hasta las más encumbradas, incluso como gobernadores. Los judíos esperaban que en estos inaccesibles parajes no los descubriera el Santo Oficio el cual, no obstante, siempre estaba alerta y su espíritu inquisidor llegaba hasta los confines del mundo.

Para el caso de Chile, el investigador Gunter Böhm ha identificado los nombres de 154 descendientes de judíos ingresados al país durante los primeros 30 o 40 años de la conquista.