En 1690, debilitados por las incursiones de los bandeirantes brasileros y las expediciones punitivas de los españoles de Santa Cruz, los indígenas que habitaban las llanuras situadas al oriente de esa ciudad ofrecieron la paz al gobernador de esa ciudad y solicitaron la llegada de misioneros jesuitas a sus tierras.

En un plazo de dos décadas, éstos instalaron varias misiones en la región, organizando un sistema comunitario inspirado en las reducciones de Paraguay. En 1760, existían 9 misiones repartidas por los llanos orientales de Bolivia y la zona norte del Chaco, las que acogían a una creciente población de conversos.

Aunque había una gran diversidad étnica en la zona, los jesuitas lograron establecer el idioma chiquitano como lengua general en casi todas las misiones, unificando lingüísticamente a pueblos muy diferentes. El proceso lo facilitaba la presencia en las misiones de una gran masa de conversos que hablaba chiquitano, por lo que la integración de nuevos grupos a la reducción pasaba necesariamente por el aprendizaje de ese idioma.

Las iglesias diseñadas por los misioneros y construidas con ayuda de los propios indígenas presentan un diseño arquitectónico único en el que se entremezclan elementos estéticos europeos e indígenas. Recientemente restauradas, han sido declaradas Patrimonio de la Humanidad por la UNESCO.