Nació en Santiago de Chile en 1917, pero a los pocos meses fue abandonado por su madre en las puertas de un conventillo de San Felipe. Años después fue ubicado en un orfanato de la misma ciudad, del cual escapó. Su madre, al enterarse de las andanzas del pequeño Alfredo, decidió llevarlo a la capital en busca de una mejor vida. A la edad de siete años llegó a Santiago, donde quedó admirado de inmediato por el mundo que descubrió en torno al río Mapocho, sitio que lo acompañaría el resto de su infancia.

Pese a los intentos de su padre por recuperar su custodia y matricularlo en la Gratitud Nacional, Gómez Morel huyó en reiteradas ocasiones. Siempre terminaba regresando al río para compartir con los "pelusas", quienes poco a poco se transformaron en su única familia. En una entrevista, el escritor sostuvo: "Desde que conocí el Mapocho, supe que él era otra manera de llamar la libertad y el amor. Continué con mis escapadas. Cada vez que bajaba al río llevaba conmigo cuantas cosas podía robar a mis compañeros de colegio: ropa, dinero, zapatos, cubiertos incluso. Creo que no robaba cosas ni objetos. Robaba amor, robaba efectos personales de los estudiantes para poder comprar el rudo cariño de los pelusas. Les llevaba de todo, menos jabón" (Paula, (101): 102, 1971).

Crecer en el mundo del hampa lo convirtió en delincuente. No solo ejerció como tal en Chile, sino también en otros países de América, por lo que debió cumplir condena en numerosas cárceles. La reclusión fue la circunstancia que hizo germinar su carrera literaria. En 1945, mientras se encontraba tras las rejas en una prisión colombiana, recibió un premio otorgado por el Ministerio de Justicia de ese país por su poema "Canto al café", consistente en una beca para realizar cursos nocturnos de Derecho en la Universidad Javeriana de Colombia, durante un año. Pese a ello, Gómez Morel continuó por la senda delictual, lo que lo trajo de regreso a Chile, donde volvió a caer en prisión.

Participó por segunda vez de un concurso literario para presidarios, ocasión en la que obtuvo un nuevo galardón, esta vez por su cuento "Doce pesos de amor". A partir de entonces, Gómez Morel sí supo sacar provecho de su talento. A principios de los años '60, mientras se encontraba en la cárcel de Valparaíso, le fue ordenado asistir a terapias siquiátricas. Fue entonces cuando los doctores lo alentaron a contar la historia de su vida y él, motivado por los beneficios penitenciarios que podría reportarle este gesto, comenzó a escribir la novela El Río. Esta se convertiría en su obra mayor, llegando incluso a ser publicada en francés por editorial Gallimard, precedida de un prólogo de Pablo Neruda, quien la elogió calificándola como un "clásico de la miseria".

Si bien, a la postre, abandonó sus hábitos delictuales para abocarse a las letras, Gómez Morel nunca logró reinsertarse efectivamente en la sociedad. Pese a que su novela La Ciudad (1963) no tuvo la misma repercusión que su primer título, ello no impidió que continuara dedicado a la escritura: El Mundo, El regreso, Yo me fugué del infierno verde, Pobre Tomás, son algunas de las obras que hasta el día hoy se mantienen inéditas.

Luego de innumerables intentos por acceder a medios de publicación para sus columnas, Alfredo Gómez Morel murió el 15 de agosto de 1984, abandonado y sin que lo reclamaran en la morgue durante días.