El retiro del guitarrista Claudio Narea a fines de 1989 precipitó la primera disolución del conjunto, que se concretó poco después de su participación en el Festival de Viña del verano de 1991. Proyectos solistas y colectivos, viajes y colaboraciones varias mantuvieron ocupados a Jorge González, Claudio Narea y Miguel Tapia durante los siguientes años. En ese período, el conjunto sólo se reunió con ocasión de la edición de una antología de singles y rarezas llamada Ni por la razón, ni por la fuerza, publicada bajo el sello EMI en 1996.

Cinco años más tarde, sin embargo, las asperezas parecían lo suficientemente limadas como para proyectar una reunión y la esperada reconciliación de Los Prisioneros sobre un escenario se concretó a fines del año 2001, en dos conciertos ante un Estadio Nacional a toda su capacidad, que antecedieron una gira nacional y la edición de un disco con canciones nuevas (Los Prisioneros, 2003).

Pero la solidez de sus primeros años se había perdido y el grupo debió enfrentarse a una decepcionante difusión radial, una nueva disputa con Claudio Narea, la incorporación temporal de un colaborador tan inesperado como Álvaro Henríquez (Los Tres) y la baja asistencia a sus conciertos. El disco Manzana (2004) se editó con el grupo ya radicado en México, desde donde intentaron reanimar una carrera internacional que no fructiferó.

En los últimos años, Jorge González ha desarrollado proyectos musicales de corte electrónico, como Los Updates, y Claudio Narea ha incursionado como cantautor solista.