El ferrocarril trasandino entró en operaciones con muchas expectativas de sus propietarios, inversionistas ingleses, las que se concretaron durante el primer año de funcionamiento cuando sus trenes transportaron 36.000 toneladas de carga y 21.000 pasajeros, dejando grandes utilidades. No obstante, en las dos décadas siguientes la carga, que aportaba la mayor cantidad de ingresos, disminuyó a un promedio de 25.000 toneladas anuales, mientras los pasajeros se mantenían en torno a los 100.000 al año.

Las razones de esta disminución fueron varias. Por una parte, se encontraba el alto precio del flete de carga y la inestabilidad del tráfico en el invierno. Por otra, la apertura del Canal de Panamá en 1914 disminuyó ostensiblemente el tráfico comercial de Valparaíso y Buenos Aires, motivo al cual se sumó la inestabilidad económica producida por la Primera Guerra Mundial. En 1921, como una manera de reducir los costos y mejorar la rentabilidad del negocio, se estableció la administración unificada del ferrocarril trasandino. Los estados chileno y argentino aportaron capitales, aunque estos intentos de recuperación sufrieron un fuerte golpe debido a los efectos de la Gran Depresión, y al aluvión que destruyó parte de la vía en 1934.