El matrimonio entre Pedro Subercaseaux y Elvira Lyon y su posterior disolución para abrazar ambos la vida religiosa, es uno de los asuntos más comentados de la biografía del pintor. Esta decisión, escribe Pedro Subercaseaux en sus Memorias, ya la tenían "en abstracto (...), desde varios años", pero fue en una presentación en el Teatro Municipal "al son del minuet o de la pavana, que empezó a germinar" (Memorias, p. 158).

En 1920, solicitaron una audiencia con el papa Benedicto XV, quien aprobó su decisión y autorizó la disolución del vínculo. Pedro Subercaseaux relata: "No hubo en todo aquello ni lágrimas, ni sollozos, ni un ademán desacompasado. Hubo paz y alegría interior que parecía reflejo del suave azul de las montañas. No hubo tampoco, desde el principio hasta el fin, ninguna presión o persuasión venida del exterior, sino en ambos una decisión enteramente espontánea y libre, según la santa libertad de los hijos de Dios" (op. cit., p. 169).

En parte, la decisión de Subercaseaux fue una renuncia al ajetreo al que se veía exigido, tanto en su calidad de pintor oficial, como en su condición de miembro de una influyente familia de la aristocracia chilena. La idea de un "retiro del mundo" aparece tempranamente en la mente del pintor; su decisión de ingresar a la Orden Benedictina, en efecto, no parece atender únicamente a una vocación religiosa, sino que también constituye una respuesta pragmática a su deseo de una vida silenciosa y retirada.

Su decisión, sin embargo, no estuvo exenta de inquietudes y de evocaciones al ruido citadino: "Cuando a las ocho y media me recogía a mi cuartito que daba al mar, por ser todavía verano ardían los arreboles del crepúsculo. Pero yo, poco dispuesto por el momento a admirar la naturaleza y cansado del largo día de actividad me dormía para soñar, noche tras noche, en viajes en trenes y en vapores, en hoteles y pasaportes, en dos seres siempre inquietos y afanosos que a veces contemplaban juntos maravillosos espectáculos, para terminar otras veces en angustiosas pesadillas, hasta que sonaba inexorable la campana del despertar" (p. 178).