Aunque la encomienda chilena tuvo desde sus comienzos un fuerte carácter de servicio personal, la Corona intentó en repetidas oportunidades regular el sistema agrupando a los agrupando a los indios en pueblos y creando las cajas comunales, que retenían el salario de los indígenas ganado a través del servicio personal. Tras la debacle del modelo de asentamiento disperso, con la gran rebelión de 1598 y el surgimiento de las estancias ganaderas en el centro del país, éstas tendieron a absorber la mano de obra indígena y a concentrarla al interior de ellas, lo que derivó en el progresivo abandono de los pueblos de indios y a la usurpación de sus tierras a manos de mestizos y españoles pobres, así como de las mismas estancias. Sin embargo, en algunas regiones, como los valles del norte chico, los pueblos de indios lograron resistir durante más tiempo y, posteriormente, dieron lugar a pequeños núcleos urbanos esparcidos por el territorio.