En 1565 la corona española decidió crear una Real Audiencia para la gobernación de Chile, estableciendo su sede en Concepción. Dicha institución, que comenzó a funcionar sólo dos años después bajo la dirección del letrado Melchor Bravo de Saravia, tenía no sólo atribuciones judiciales sino también de gobierno. Su función debía ser velar por el cumplimiento de la legislación real, en particular en lo referente a la población indígena, y fiscalizar de manera más adecuada las cuentas de la Real Hacienda.

Sin embargo, la permanencia de la guerra de Arauco hizo que en 1573 se decidiera suprimir el real tribunal y transferir nuevamente las funciones de gobierno a un militar.