La economía de un desierto. Tarapacá durante la Colonia (1979) aporta una novedosa visión acerca del dinamismo productivo en el Norte Grande durante el período colonial. Lejos de presentarnos un mundo aislado, Villalobos nos muestra una región diversificada e integrada al resto de virreinato peruano, en torno a la minería, ganadería e industria.

En Comercio y contrabando en el río de la Plata y Chile. 1700-1811 (1965), Villalobos rebate la teoría clásica que apuntaba a presentar a Chile colonial como un territorio desabastecido y en continua crisis económica. Si bien el autor mantiene este último planteamiento, postula la idea que su origen se encontraba en el sobre stock de productos en el mercado debido a la acción de contrabandistas y la complicidad de las autoridades. La escasez de numerario se explica entonces por la fuga de capital, lo que generó deflación, explicando la postración financiera de la colonia.

En El proteccionismo económico en Chile. Siglo XIX (1987), rompió la tradición respecto a la existencia de un modelo abierto y desregulado, impuesto desde inicios de la República. Por su parte, Los comienzos de la historiografía económica de Chile, 1862-1940 es una buena introducción a las teorías económicas postuladas en Chile desde inicios de la República.