En la década del 1950, y luego de los esfuerzos institucionales por limitar la organización sindical, se reanimaron las luchas en el campo por el aumento de los salarios, la disminución de la jornada de trabajo, y el mejoramiento de las condiciones laborales. La huelga de Molina ocurrida en 1953, es considerada hoy un hito muy relevante en la trayectoria del movimiento campesino. A partir de esta huelga, la Iglesia Católica comenzó a participar en el conflicto por la tenencia y división de la tierra que las reformas agrarias promovían entre campesinos y latifundistas. A través de la Conferencia Episcopal, la Iglesia se fue haciendo parte del creciente conflicto campesino donde intervinieron, entre otras instituciones, la Acción Sindical Chilena (ASICH) creada por el padre Alberto Hurtado y el Cardenal José María Caro. Asimismo, en 1952 se formó la Federación Sindical Cristiana de la Tierra, la que pronto se transformó en el Departamento Campesino de ASICH en 1954.

Pero fue en 1955 cuando la presencia de la Iglesia en el medio rural se consolidó con la creación de los Institutos de Educación Rural (IER). Los IER iniciaron un trabajo sistemático de educación y capacitación de campesinos, tanto en lo que respecta al plano técnico-laboral como al aspecto organizativo, además de cumplir con sus labores apostólicas. En 1962, frente a la necesidad de distinguir entre las tareas doctrinarias y las relacionadas con el desarrollo de la comunidad, se creó la Asociación Nacional de Organizaciones Campesinas (ANOC). De este modo, al tiempo que aumentaba el consenso acerca de la necesidad de reformar estructuralmente al sector agrícola, la Iglesia intensificó su labor organizativa en el mundo rural en sintonía con sus propios procesos de transformación.

Los delegados de los IER también tuvieron una activa participación en la campaña presidencial de Eduardo Frei Montalva, ya que de ellos surgió la inquietud de sumarse a la agitación político-electoral dando vida al Movimiento Campesino Independiente (MCI), que logró organizar a lo largo de la campaña más de 500 comités campesinos a lo largo del país.

En el año 1967, producto de las reformas realizadas durante el gobierno de Frei Montalva, la ANOC se fusionó con otras asociaciones formando la Confederación Campesina Libertad.