A mediados del siglo XVIII se consolidó definitivamente el ordenamiento social del archipiélago. Desde principios del siglo, se había iniciado una lenta recuperación demográfica producto de las nuevas condiciones económicas, bajo las cuales la población indígena dejó de ser considerada como una masa de esclavos susceptibles de ser vendidos en Chile o Perú y pasó a ser una mano de obra necesaria para la extracción de maderas valiosas. La exportación de estas últimas, en particular de tablas de alerce, se convirtió en el único ingreso de la economía isleña frente al monopolio comercial que mantenían los navieros de El Callao.

La población indígena logró sucesivas conquistas sociales durante la segunda mitad del siglo, llegando a la supresión total de las encomiendas en 1791. Por otro lado, la evangelización se consolidó bajo el sistema jesuita de "misión circular", continuado tras su expulsión por los franciscanos. En el último tercio del siglo la monarquía introdujo una serie de reformas administrativas que llevaron al archipiélago a depender directamente del Virreinato del Perú y a la fundación de una nueva capital, San Carlos de Ancud.

De todas maneras, al acabar la centuria, el archipiélago seguía siendo un conjunto de islas cubiertas de selva y pobladas de manera dispersa, cuyo aislamiento contribuyó a madurar una cultura única y particular.