El archipiélago de Chiloé, debido a su condición de colonia más austral del imperio español en América, tuvo una importancia estratégica, lo que motivó a la corona española a reforzar las defensas militares de la isla y a desarrollar una cartografía más precisa del territorio. Fruto de ello fueron las expediciones de Juan José de Moraleda en 1786-1788 y 1792-1796, los levantamientos cartográficos ordenados por el virrey del Perú durante el siglo XVIII, así como la reorganización completa del sistema defensivo del archipiélago durante dicha centuria.

En 1767, la corona estableció la dependencia directa de Chiloé con respecto al Virreinato del Perú y la fundación de San Carlos de Ancud en el extremo norte de la isla Grande, la que pasó a ser la cabecera administrativa y militar del archipiélago. La nueva ciudad se construyó sobre una colina y frente a una estratégica bahía, defendida por un complejo sistema de fortificaciones, entre las que destacaba el fuerte de San Antonio y el castillo de Ahui.