Los estudios seguidos en la Universidad Santo Tomás duraban cinco años. Las "artes" comprendían las disciplinas de Latín, Gramática, Retórica, Poética hasta la Metafísica pasando por la Lógica, Filosofía de la Naturaleza y Etica.

Según consigna Mario Góngora, en su trabajo sobre las universidades, estos estudios, como en toda América indiana, se guiaron en líneas generales por el plan de la Universidad de París, que Cisneros había adoptado en la Universidad de Alcalá. Estos grados eran necesarios para ingresar a otros estudios tales como Teología, Derecho y Medicina, de los cuales la universidad dominica sólo contaba con Teología.

Los grados fueron conferidos por el obispo o el cabildo en sede vacante, previa aprobación de las autoridades de la universidad; más tarde el rector obtuvo esta facultad. Estos grados sólo serían válidos en las Indias.

La ceremonia de graduación era de gran solemnidad y colorido. El obispo y más tarde el provincial o el rector imponía las insignias correspondientes: birrete con borlas y muceta.

La Universidad de Santo Tomás contó con una importante biblioteca que llegó a tener más de cinco mil volúmenes y que prácticamente se conserva íntegra hasta nuestros días en la Recoleta Dominica.