Como institución dependiente del Arzobispado de Santiago, la Vicaría era dirigida por un Vicario, mientras que en su parte operativa, la dirección estaba a cargo de un secretario ejecutivo, del cual dependían los cuatro departamentos principales: jurídico, laboral, campesino y de zonas. Estos a su vez, llevaban a cabo distintos programas como los de denuncia de atentados a los derechos fundamentes, asistencia jurídica a familiares de detenidos desaparecidos; a chilenos exiliados, talleres de capacitación a campesinos y obreros, bolsas de cesantes y de educación solidaria, entre otros.

Durante la década de los ochenta se optó por descentralizar el trabajo solidario, dando fin con ello a los departamentos de salud y campesino y dejando con plena autonomía a los equipos de trabajo en las zonas, lo que no implicó en ningún caso el fin del apoyo judicial y técnico a las personas que lo necesitaran.