Entre los siglos XVII y XVIII, y producto de los conflictos comerciales europeos, actividades como el contrabando, la piratería y el ataque a navíos españoles se intensificaron en el Océano Pacífico. Debido a aquello, la corona española debió incorporar en sus políticas comerciales diversa estrategias de protección de sus mercados de ultramar y una de estas fue la creación de los navíos de registro o permiso.

A partir del sistema de navíos de registro o permiso los comerciantes, barcos mercantes y comerciantes solicitaban la autorización correspondiente para cruzar el Atlántico por iniciativa propia o estatal, reemplazando de este modo a las tradicionales flotas y galeones, aunque los resguardos militares y corsarios se mantuvieron por parte de España para proteger sus intereses, la circulación de mercaderías y el abastecimiento de las colonias y de la península.

Este sistema suprimió innumerables trámites burocráticos y agilizó el envió de barcos mercantes, aumentando el volumen de los intercambios comerciales entre América y la metrópoli. Más tarde, este beneficio burocrático se extendió a navíos ingleses, lo que dinamizó la economía colonial y la circulación de productos europeos en todo el continente. Sin embargo, poco a poco esta medida administrativa fue utilizada por los mercaderes no españoles para realizar contrabando de productos prohibidos o controlados por la corona española.

En 1765 se puso fin a la política que permitía el comercio de América sólo con el puerto de Sevilla y se autorizó la salida de naves desde nueve puertos españoles. En 1778 se estableció el comercio libre entre América y España. Esta reforma mantuvo la prohibición de negociar con puertos no españoles sin permiso legal y siguió negando a las colonias la posibilidad de comerciar entre ellas con productos que pudiesen competir con las mercancías elaboradas en España. Por otro lado, dichas reformas prohibieron nuevamente el comercio colonial con otros países, principalmente Gran Bretaña, con lo que se abandonó la política del navío de registro o permiso (Ross, Agustín. Reseña histórica del comercio de Chile durante la era colonial. Santiago de Chile: Impr. Cervantes, 1894, p. 201-365).