En 1817, a la edad de dieciocho, Manuel Bulnes comenzó su vida militar con el grado de alférez. Bajo las órdenes del Director Supremo Bernardo O'Higgins, participó en las batallas de Quechereguas, Cancha Rayada y Maipú, tras la cual alcanzó el grado de teniente. Posteriormente combatió contra el bandolero Vicente Benavides y las montoneras de los hermanos Pincheira en la Guerra a Muerte. Tras su excelente desempeño fue ascendido a coronel y segundo jefe del ejército de la Frontera en 1829 y, al año siguiente, acompañó a su tío, el general Joaquín Prieto Vial, en su triunfo sobre el general Ramón Freire en la batalla de Lircay. En los años siguientes continuó con sus acciones militares, al dirigir la campaña que puso fin al bandolerismo de los hermanos Pincheira, lo que le significó su ascenso a general.

Entre 1838 y 1839, estuvo a la cabeza de la triunfadora expedición al Perú, en la guerra contra la Confederación Perú-Boliviana. Como premio fue ascendido a general de división y en Perú se le otorgó el grado de Mariscal de Ancash y una hermosa espada de honor. En 1851, tras entregar el mando de la República a Manuel Montt, encabezó el ejército gobiernista que se impuso sobre las tropas revolucionarias del general José María de la Cruz en la batalla de Loncomilla. Tras este triunfo conservó la jefatura del Ejército del Sur, hasta octubre de 1863, para luego retirarse a la vida privada.