Desde su reaparición en 1991, Mapocho no dejó nunca de publicarse semestralmente. Su primera directiva cambió parcialmente tras la publicación del primer semestre de 1993. En ese momento, Sergio Villalobos se retiró de su cargo en la Biblioteca aduciendo falta de tiempo para sus investigaciones personales. En números anteriores, ya se habían retirado del consejo editorial Agata Gligo, Miguel Arteche, Carlos Ruiz Tagle y Mario Orellana. En reemplazo, se había integrado Hernán Poblete Varas. También, al final de este periodo dirigido por Villalobos se designó un nuevo Ministro de Educación: Jorge Arrate Mac Niven.

En estos primeros años de reacomodación, Mapocho creció enormemente en calidad, logrando construirse un espacio seguro en la escena cultural chilena. Así, el número de colaboradores aumentó lo que obligó a multiplicar las páginas en cada publicación. Pronto, la revista se convirtió en un referente para los lectores de literatura, historia, teatro, ciencias sociales, sociología, política, ciencia, música y cultura en general.

Desde el segundo semestre de 1993 asumió como directora Marta Cruz-Coke y el consejo editorial permaneció constituido por: Alfonso Calderón, Marcos García de la Huerta Izquierdo, Alfredo Jocelyn-Holt-Letelier y Hernán Poblete Varas.

A partir de 1995, se incorporaron al consejo Pedro Lastra Salazar, Sergio Grez Toro, Fernanda Falabella Gellona, Rodrigo Sánchez Romero. Luego, en el año 1996 ocurrió un nuevo cambio en las autoridades: Juan Eduardo Donoso Salinas, asumió como director de la DIBAM y junto a Pedro Pablo Zegers fueron secretarios de redacción Tomás Harris Espinosa y Ricardo Loebell Silva (quien se retiró en 1997). Asimismo, en el consejo editorial se retiró Hernán Poblete Varas y se integraron: Sofía Correa Sutil, José Ricardo Morales Malva y Rafael Sagredo Baeza.

El número del primer semestre del 2000 se dedicó a Guillermo Feliú Cruz, por el centenario de su nacimiento. Con este homenaje se efectuó una revisión de la trayectoria de la revista y su importancia en la cultura chilena.